Bonjour,
Merci du signalement, je vais corriger ça pour signaler qu'aucune numérotation automatique n'est appliquée, ou que le résultat de ce point de vue est "problématique". Si on réorganise la structure via le glisser/déposer dans l'arbre, surtout d'une partie à l'autre, il faudrait développer un système de numérotation spécialisé qui s'applique autant aux chapitres qu'aux scènes. Donc la solution de numérotation manuelle que vous avez appliqué est bien ce qu'il faut faire.
Je vais étudier la question pour proposer un système qui réduirait, autant que possible, cette contrainte.