J'ai trouvé comment résoudre le problème. En fait, Ostorybook travail par défaut uniquement sur la partie 1. Dans l'onglet "scènes" et "gérer les chapitres et les scènes", ne s'affichent que les scènes de la première partie. Pour travailler sur les scènes d'une autre partie, il faut cliquer sur "Parties" dans la barre de menu et sélectionner la partie que l'on souhaite. A ce moment là, dans l'onglet "scènes" et "gérer les chapitres et les scènes", s'affiche les scènes de la partie correspondante (et uniquement de cette partie !).
J'ai donc effectivement retrouver mes scènes de la partie 2 (dont certaines étaient en plusieurs exemplaires

).
Cependant, je trouve que cette gestion des parties n'est pas logique. Pour moi, je travaille sur un fichier qui est constitué de plusieurs parties et j'ai besoin dans un premier temps d'avoir une vue d'ensemble (et non fragmenté comme ça l'est à l'heure actuelle). Je pense qu'il faudrait avoir la possibilité de modifier manuellement par la suite s'il l'on souhaite afficher qu'une seule partie.